MDPOW
release-0.7.1
1. Quick installation instructions for
MDPOW
2.
mdpow
— Computing the octanol/water partitioning coefficient
3. The
mdpow-*
scripts
4.
mdpow.equil
— Setting up and running equilibrium MD
5.
mdpow.fep
– Calculate free energy of solvation
6. Helper modules
7. Force field selection
MDPOW
Docs
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Index
Edit on GitHub
Index
Symbols
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_
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A
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C
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D
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E
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F
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G
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H
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I
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J
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K
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L
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M
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N
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O
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P
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Q
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R
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S
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T
|
W
Symbols
--estimator {mdpow,alchemlyb}
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--force
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--ignore-corrupted
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--method {TI,MBAR,BAR}
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--no-SI
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--plotfile FILE
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--setup=<LIST>
mdpow-rebuild-fep command line option
--SI
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--solvent NAME, -S NAME
mdpow-solvationenergy command line option
--solvent=<NAME>
mdpow-rebuild-fep command line option
mdpow-rebuild-simulation command line option
--start START
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
--stop STOP
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
-d <DIRECTORY>, --dirname=<DIRECTORY>
mdpow-equilibrium command line option
mdpow-fep command line option
-e FILE, --energies FILE
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
-h, --help
mdpow-check command line option
mdpow-equilibrium command line option
mdpow-fep command line option
mdpow-pow command line option
mdpow-rebuild-fep command line option
mdpow-rebuild-simulation command line option
mdpow-solvationenergy command line option
-o <FILE>, --outfile=<FILE>
mdpow-check command line option
-o FILE, --outfile FILE
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
-S <NAME>, --solvent=<NAME>
mdpow-equilibrium command line option
mdpow-fep command line option
-s N, --stride N
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
_
__version__ (in module mdpow)
_generate_template_dict() (in module mdpow.config)
A
analyze() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
analyze_alchemlyb() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
arraylabel() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
C
checkpoint() (in module mdpow.restart)
clear() (mdpow.restart.Journal method)
collect() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
collect_alchemlyb() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
completed() (mdpow.restart.Journal method)
compress_dgdl_xvg() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
contains_corrupted_xvgs() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
convert_edr() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
coordinate_structures (mdpow.equil.Simulation attribute)
current (mdpow.restart.Journal attribute)
D
DEFAULT_FORCEFIELD (in module mdpow.forcefields)
DEFAULT_WATER_MODEL (in module mdpow.forcefields)
defaults (in module mdpow.config)
dgdl_edr() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
dgdl_total_edr() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
dgdl_tpr() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
dgdl_xvg() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
DIRECTORY [DIRECTORY ...]
mdpow-pow command line option
mdpow-solvationenergy command line option
DIST (in module mdpow.equil)
E
energy_minimize() (mdpow.equil.Simulation method)
environment variable
GMXLIB
,
[1]
,
[2]
,
[3]
,
[4]
PATH
equilibrium_simulation() (in module mdpow.run)
estimators (mdpow.fep.Gsolv attribute)
F
fep_dirs() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
fep_simulation() (in module mdpow.run)
FEPschedule (class in mdpow.fep)
filekeys (mdpow.equil.Simulation attribute)
frombase() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
G
Gcyclo (class in mdpow.fep)
Gcyclo.dummy_protocol() (in module mdpow.fep)
get_configuration() (in module mdpow.config)
get_last_checkpoint() (mdpow.equil.Simulation method)
get_last_structure() (mdpow.equil.Simulation method)
get_mdp_files() (in module mdpow.run)
get_protocol() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
(mdpow.restart.Journalled method)
get_solvent_identifier() (in module mdpow.forcefields)
get_solvent_model() (in module mdpow.forcefields)
get_template() (in module mdpow.config)
get_templates() (in module mdpow.config)
get_water_model() (in module mdpow.forcefields)
Ghyd (class in mdpow.fep)
Ghyd.dummy_protocol() (in module mdpow.fep)
GMXLIB
,
[1]
,
[2]
,
[3]
,
[4]
Goct (class in mdpow.fep)
Goct.dummy_protocol() (in module mdpow.fep)
GROMACS_SOLVENT_MODELS (in module mdpow.forcefields)
GROMACS_WATER_MODELS (in module mdpow.forcefields)
GromacsSolventModel (class in mdpow.forcefields)
Gsolv (class in mdpow.fep)
Gsolv.dummy_protocol() (in module mdpow.fep)
guess_filename() (mdpow.forcefields.GromacsSolventModel method)
H
has_completed() (mdpow.restart.Journal method)
has_dVdl() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
has_not_completed() (mdpow.restart.Journal method)
history (mdpow.restart.Journal attribute)
I
includedir (in module mdpow.config)
incomplete (mdpow.restart.Journal attribute)
J
Journal (class in mdpow.restart)
Journalled (class in mdpow.restart)
Journalled.dummy_protocol() (in module mdpow.restart)
JournalSequenceError
K
kBOLTZ (in module mdpow.fep)
kcal_to_kJ() (in module mdpow.fep)
kJ_to_kcal() (in module mdpow.fep)
L
label() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
load() (mdpow.equil.Simulation method)
(mdpow.fep.FEPschedule static method)
(mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
(mdpow.restart.Journalled method)
logger_DeltaA0() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
M
make_paths_relative() (mdpow.equil.Simulation method)
MD() (mdpow.equil.Simulation method)
MD_NPT() (mdpow.equil.Simulation method)
MD_relaxed() (mdpow.equil.Simulation method)
MD_restrained() (mdpow.equil.Simulation method)
mdp_default (mdpow.fep.Gsolv attribute)
mdp_defaults (mdpow.equil.Simulation attribute)
mdp_dict (mdpow.fep.FEPschedule attribute)
mdpow-check command line option
-h, --help
-o <FILE>, --outfile=<FILE>
mdpow-equilibrium command line option
-S <NAME>, --solvent=<NAME>
-d <DIRECTORY>, --dirname=<DIRECTORY>
-h, --help
RUNFILE
mdpow-fep command line option
-S <NAME>, --solvent=<NAME>
-d <DIRECTORY>, --dirname=<DIRECTORY>
-h, --help
RUNFILE
mdpow-pow command line option
--SI
--estimator {mdpow,alchemlyb}
--force
--ignore-corrupted
--method {TI,MBAR,BAR}
--no-SI
--plotfile FILE
--start START
--stop STOP
-e FILE, --energies FILE
-h, --help
-o FILE, --outfile FILE
-s N, --stride N
DIRECTORY [DIRECTORY ...]
mdpow-rebuild-fep command line option
--setup=<LIST>
--solvent=<NAME>
-h, --help
mdpow-rebuild-simulation command line option
--solvent=<NAME>
-h, --help
mdpow-solvationenergy command line option
--SI
--estimator {mdpow,alchemlyb}
--force
--ignore-corrupted
--method {TI,MBAR,BAR}
--no-SI
--plotfile FILE
--solvent NAME, -S NAME
--start START
--stop STOP
-e FILE, --energies FILE
-h, --help
-o FILE, --outfile FILE
-s N, --stride N
DIRECTORY [DIRECTORY ...]
mdpow.config (module)
mdpow.equil (module)
mdpow.fep (module)
mdpow.forcefields (module)
mdpow.log (module)
mdpow.restart (module)
mdpow.run (module)
molar_to_nm3() (in module mdpow.fep)
N
N_AVOGADRO (in module mdpow.fep)
O
OctanolSimulation (class in mdpow.equil)
P
PATH
pCW() (in module mdpow.fep)
plot() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
pOW() (in module mdpow.fep)
processed_topology() (mdpow.equil.Simulation method)
protocols (mdpow.equil.Simulation attribute)
(mdpow.fep.Gsolv attribute)
(mdpow.restart.Journalled attribute)
Q
qsub() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
R
results (mdpow.fep.Gsolv attribute)
RUNFILE
mdpow-equilibrium command line option
mdpow-fep command line option
runMD_or_exit() (in module mdpow.run)
S
save() (mdpow.equil.Simulation method)
(mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
(mdpow.restart.Journalled method)
scripts (mdpow.fep.Gsolv attribute)
setup() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
setupMD() (in module mdpow.run)
Simulation (class in mdpow.equil)
solvate() (mdpow.equil.Simulation method)
SPECIAL_WATER_COORDINATE_FILES (in module mdpow.forcefields)
start() (mdpow.restart.Journal method)
summary() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
T
tasklabel() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
templates (in module mdpow.config)
topfiles (in module mdpow.config)
topology() (mdpow.equil.Simulation method)
W
WaterSimulation (class in mdpow.equil)
wdir() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
wname() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
write_DeltaA0() (mdpow.fep.Gcyclo method)
(mdpow.fep.Ghyd method)
(mdpow.fep.Goct method)
(mdpow.fep.Gsolv method)
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